Desde que empezó en el género, Héctor ha tenido rivalidades con varios artistas. Sus primeros rivales fueron Voltio y Wisin. La guerra con Wisin fue su primera gran guerra y tomó dimensiones grandes cuando a Héctor se le unieron su pupilo Don Omar y todo Mas Flow Inc. Después de varias tiraeras hizo las pases con Wisin y así terminó la guerra con él.
Don Omar había sido llevado a la fama gracias al dúo Héctor y Tito y en varias ocaciones había asegurado que estaría eternamente agradecido a ellos. Pero en la época en que Héctor "El Father" estaba preparando el album Los Rompe Discotekas , él y Don Omar tuvieron una discusión. Esta se debió a que Héctor le pidió a Don Omar que grabara una canción para el disco, pero Don Omar se rehusó. Esto probocó que Héctor se molestara con él, con lo que quedaron distanciados. Luego Don Omar le tiró indirectas en la canción "Repórtense" (que era una tiraera para Daddy Yankee), y ahí empezó la guerra entre ellos. Una de las guerras más grandes y comentadas del género.
Actualmente Héctor "El Father" es considerado como el tercer mejor reggaetonero en términos de tiraera (después de Tempo y Polaco ), además, por el momento no se encuentra en guerras liricales con ningún artista, sin embargo en varias canciones ha dejado ver su enemistad hacia Don Omar y Arcángel.
En el 2007 sacó una canción llamada "No Haces Na" junto a su pupilo Yomo, la cual era una tiraera para Arcangel
